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细胞STR鉴定——-----及时发现您的细胞是否被交叉污染或错误辨识

  • 日期: 2017-05-04 11:36:58
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    据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识,如果使用了这些细胞将导致研究结论错误、结果不可重复以及临床细胞治疗灾难性后果,同时也将浪费大量时间、精力和金钱。。STR(Short Tandem Repeat,短串联重复序列)基因分型已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定,目前越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分型图谱。

    细胞系认证的问题已经存在了几十年。在2004年,Buehring et al. 等做的一份调查显示,仅有三分之一的实验室鉴定他们自己细胞的身份。2007年,有研究报道,20年里使用被污染的或错误鉴定的癌细胞比率高达18%-36%。令人惊讶的是,最近报道在中国,细胞间交叉污染的比率高达25-85%。对2013-2014年间发表在自然杂志上超过60篇文章进行调查, 只有10%的作者说他们已经鉴定了细胞株。更有问题的是,几乎三分之一的人承认他们使用的细胞来自于另外一个实验室赠与。因此NIH、ATCC、Nature和Science等近年对此多次发出呼吁,要求研究者对细胞进行鉴定。
​    STR基因位点由长度为3~7个碱基对的短串连重复序列组成,这些重复序列广泛存在于基因组中,可作为高度多态性标记,被称为细胞的DNA指纹,其可通过PCR(聚合酶链式反应)来检测。先用荧光分子标记DNA指纹,这种带有荧光分子的DNA片段在凝胶中从阴极向阳极迁移,按片段长度大小排列,当迁移到阳极端一定波长的光,按荧光强度记录下来,每个带荧光染料的DNA片段电泳轨迹按各自通过激光扫描窗口的实际时间被记录下来,以荧光吸收峰来表示每个片段。峰值越高,表示该片段量越多;峰出现的时间与片段大小有直接关系,片段越小,峰越早出现。计算机保存所有片段通过扫描窗口的实际时间及其荧光特征。随后通过一定的计算方法,即可根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库比对从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。可同时检测16、21或40个STR位点,仅需3ng DNA即可判断细胞类型及可能的细胞交叉污染。常用的21个STR位点名称:

步骤:
    1、多色荧光标记STR复合扩增。
    2、扩增产物电泳前进行处理。
    3、毛细管电泳分离STR片段, 激光诱导的荧光检测,由设备检测并数据化存储。
    4、自动数据采集并分型。 荧光颜色分离,计算片段大小, 确定各个等位座的基因分型。